Sobre banco DBF

Bom to fazendo um site para um mercado e o kra quer os 40mil produtos dele no site, o banco de dados que ele usa é DBF e o server dele nao esta na net e se possivel nao queria disponibilizar isso na net por motivos de seguranga, msmo eu fazendo apenas consultas nesse micro, enfim queria achar outra alternativa.

Lendo este artigo: http://www.imasters.com.br/artigo.php?cn=305&cc=44 vi q posso passar o dbf dele pra mysql, seria bem melhor, mas encontrei um prob, vai demora bste, beleza e o kra faz mudancas em preços de uns 200 produtos por dia, de manha e a tarde e eu nao poderia parar o site pra atualizar passando de dbf pra mysql novamente, nem faco ideia de quanto tempo levaria.

Resumindo, gostei da ideia de passar de dbf pra mysql, mas sera q nas atualizacoes há uma maneira melhor de faze-la? atualizar so os produtos certos, pq no mercado eles usam um sistema, onde o dono exporta o arquivo passa pros outros mercados, dai eles jogam esse arquivo no sistema e pum ele atualiza geral o banco de dados.

aiai enfim é tudo isso ai... no mais obrigado....