Aumentar o TimeOut da sessão

Olá gente, bom o que está acontecendo comigo é o seguinte... Criei uma aplicação que é muito demorada para executar, bastante demorada mesmo, e quando eu executo ela até funciona mas pára no meio pq dá erro de TimeOut, aparece uma mensagem dizendo que saiu do TimeOut de CGI (mais ou menos isso, vocês devem conhecer). E eu alterei no meu programa o tempo de limite usando uma função do PHP set_time_limit(), e coloquei um número estrondoso, e TAMBÉM mudei o tempo de limit no próprio php.ini, mas mesmo assim depois de exatos 6 minutos de execução o erro acontece novamente. Bom, alguém sabe me dizer como eu resolvo isso ? Obrigado desde já e um abraço a todos !Oks,Rafael Portal