auto-increment

Se eu tiver no banco de dados uma tabela chamada "consulta" que conterá 1000 clientes devo usar auto-incremento na chave primária (cdConsulta) ou numeração manual? Fico na dúvia de usar auto incremento, pois esta tabela terá muitas inserções assim como muitas "deleções". Parece que vai ficar uma loucura os índices da chave primária. Pior se eu tiver que consultar uma consulta pela chave. Uso ou não chave com auto incremento?