Inserir com innerHTML?

Não é de hoje que vejo muita gente utilizando ajax, e inserindo o retorno do servidor em uma div com um innerHTML. É coisa simples: faço a consulta no servidor e, com uma linguagem server-side, deixo o conteúdo(retorno) com toda a sua marcação pronta e formatada e só entrego para ser inserido com o innerHTML.Mas e aí? Essa é a melhor forma de fazer as coisas? Porque podemos, também, retornar só o básico e com a linaguagem client-side, o javascript, criamos toda a sua marcação e formatação, fazendo o bom proveito dos appendchilds, createelements etc. Um exemplo é o próprio site do iMasters. Não sei se alguém já teve tempo para ler o código.O que vocês acham? Com o innerHTML fica tudo mais fácil, mas, na minha opinião, fica mais bonito trabalhando o conteúdo com o javascript.