Funciona no Windows mais não funciona no LINUX

Montei um sistema que no qual o menu é em javascript, esta aplicação esta em um servidor LINUX, quando eu acesso a mesma atraves de uma máquina com IE (Windows, versão abaixo) o sistema funciona perfeitamente, mais quando eu acesso o mesmo codigo de dentro do LINUX ele não encontra o arquivo especificado na instrução abaixo, o diretório especificado da aplicação é SGP e dentro dele existe um outro diretório chamado CLIENTES onde se encontra o aquivo em questão. No LINUX ele me retorna com o código abaixo o seguinte caminho "/SGP/CLIENTES/CLIENTES/MAN_CLIENTES.PHP", gostaria que alguém me explicasse pq o LINUX esta me retornando um diretório a mais, CLIENTES/. Como posso fazer para resolver isso ou será que isso é coisa do Apache e eu tenho que configurar alguma coisa que não vi ainda ?

**Na versão (atual default) montada para o browse do Windows e assim: Esta funcionando perfeitamente no Windows e não funciona no LINUX**Menu1_1_1 = new Array("Novo Registro","**clientes/man_clientes.php**","",0,18,120,"","","","","","",-1,-1,-1,"left"," ");

 

 

**Na versão LINUX é assim: (teste realizado depois que o mesmo não encontrou a página, funciona no LINUX e não funciona no Windows)**Menu1_1_1 = new Array("Novo Registro","**man_clientes.php**","",0,18,120,"","","","","","",-1,-1,-1,"left"," ");