PHP com Mysql PHPmyAdmin

Olá pessoal, não sei se minha duvida é mais propria da seção de mysql ou de php. Estou desenvolvendo um sistema complexo onde tenho um banco cheio de relacionamentos (fiz o diagrama do banco no enterprise architect) exportei o diagrama para um arquivo sql, importei no phpmyadmin. Nunca precisei de fazer relacionamento utilizando o mysql mas já ouvi falar que as tabelas tem que ser innodb, só que no meu script gerado não tem nada disso e não sei onde acho no phpmyadmin onde converto minhas tabelas para innodb. Gostaria de saber se vou ter que fazer os relacionamentos na mão no php mesmo ou se tem alguma forma de fazer isso usando o phpmyadmin.Obrigado.