Migração MySQL 4.1.20 -> 5.0

Estou pensando em migrar o banco MySQL do atual 4.1.20 para 5.0, principalmente em virtude de novas funcionalidades, como Store Procedure.

Uso Centos 4.5 e geralmente faço a instalação do banco via APT ou YUM.

Tenho um servidor de teste para fazer tal experiência antes de aplicar aos ambiente de produção. Contudo, gostaria de saber se alguém já passou pela experiência e tem algum depoimento a dar.

Em virtude dessa mudança, algumas aplicações correm o risco de não mais funcionar corretamente, seja por uso de funções específicas ou algo assim? Ou é tudo muito tranquilo?

Qual a melhor forma de fazer a migração? Dar dump em SQL dos bancos, instalar por cima e depois dar restore?

Obrigado antecipadamente pelas colaborações.