Vírus em página

Fui vítima do vírus JS/Psyme.

O meu site foi infectado e sempre que eu entrava nele já hospedado, o AVG alertava para vírus na página. Eu fazia o upload da página e depois de mais ou menos 1 hora a página se infectava no servidor. Assim, sempre fazia o upload mais de uma vez ao dia para tentar evitar o vírus.

Fui obrigada a tirar o site do ar por um tempo e deixar a página de aviso de manutenção somente em HTML. Essa página não possuía nem acusava vírus.

Quando me livrei dos vírus que assolavam meu computador, resolvi hospedar a nova página no servidor do site - mas não como index, e sim em subpastas com páginas php. Porém, a página principal, mesmo html, foi infectada!

Alguém tem noção do porquê da página php se infectar e infectar as outras? E a solução para esse problema? Caso achem necessário posso postar os códigos aqui, mas eles não possuem muita coisa, somente simples includes!

Agradeço desde já.