FTP deixa lacunas na transferência arquivos

Bom dia.

Estou com um problema de transferência de arquivo via ftp.

Não é do meu servidor pois testei em outro PC e deu certo.

Tenho WinXP Pro SP3 e quando faço backup faltam pastas ou arquivos dentro de pastas.

já passei antivirus e está tudo limpo. Alguem pode me ajudar?