reescrita de url

Tenho um site muito (muito mesmo) grande, quero dizer com isso que ele muito subdividido, muitas páginas, bancos etc.

Atualmente faço todos os testes na minha máquina, sendo que document_root está assim:

sites_e_sistemas -> root
L internet
L sites
L site_1
L site_1
L site_3
L site_etc
Obs.: Chamada assim: http://localhost/internet/sites/site_1/pagina_a_ser_incluida

No arquivo .htaccess (bem básico, mas funcional), tenho o seguinte:

RewriteEngine On
RewriteRule ^\/?([A-Za-z0-9]+)?\/?$ index.php?q=$1 [L]
Na index.php tenho este trecho (Seguindo o tutorial do PerfectLion):

<?php
 $Url = explode('/',str_replace(strrchr($_SERVER['REQUEST_URI'], '?'), '', $_SERVER['REQUEST_URI']));
 array_shift($Url);
 $Url = array_reverse($Url);

 if(file_exists($Url[0].'.php'))
 {
 include($Url[0].'.php');
 }
?>

beleza, até tranquilo! Agora é vêm as perguntas:

1º - Tenho um arquivo capa.php, quando o chamo via url: http://localhost/internet/sites/capa, funciona corretamente, é incluído na na index.

Mas não quero mostrar a extensão do arquivo, ex.: http://localhost/internet/sites/capa.php, sendo que se eu chamar deste modo, ele não inclui o arquivo e sim leva diretamente pro capa.php. Não quero isso, como fazer?

2º - Se eu chamar este endereço http://localhost/internet/sites/index ele vai incluir a minha index dentro dela própria, também não quero isso, como resolver?

Por enquanto só tenho estas duas dúvidas, mas preciso da opinião de vocês pra fazer a coisa certa, portanto, peço a colaboração de todos.

Obrigado.