Java Alert Básico

Galera, a parada é a seguinte:Possuo um frame com várias páginas distribuídas. Uma dessas páginas possui refresh automático, que é responsável por alimentar uma tabela e registrar a data e a hora atual.O problema é que em outras páginas desse frame eu possuo JavaAlerts e em alguns momentos da operação do meu programa(que é executado dentro desse frame) esse alerts são invocados.Resumo: ao ser disparado o JavaAlert ele consequentemente trava a operação de todo o frame, não possibilitando que minha página dê refresh e alimente a tabela com a hora e a data atual.Isso irá gerar diversos problemas no meu programa pois pode ser que o usuário demore 1/2 hora para clicar no OK do Alert. Com isso o sistema irá verificar que o programa está inativo por 1/2 hora e irá excluir registros de tabelas de operação do meu programa.Assim sendo, o programa apresentará falhas após o clique do usuário.Alguém sabe de alguma forma de impedir isso? Alguma outra alternativa que chame a atenção do usuário que não seja um JavaAlert, ou até mesmo um modo de permitir que as demais páginas do meu frame continuem sendo executadas normalmente??????Socorrooooooooo!!!!!