JavaScript funciona off-line mas não funciona On-line

Seguinte, tenho um sistema relativamente grande que depende bastante de JavaScript, tudo funciona exeto um script que só funciona quando testo na minha máquina, enviando para o servidor ele simplesmente deixa de funcionar.

Já verifiquei todos os arquivos, limpei cache, apaguei tudo e enviei novamente, fiz de tudo.

Alguem sabe se teria como o servidor estar bloqueando algo, apesar de eu achar meio inlógico já que o JS roda no lado do cliente.

PS: Problema de código não é, logo nem vou posta-lo.