Prototype(ajax.updater)+.htaccess = erro

Olá pessoal, estou com um probleminha no htaccess, tenho um .htaccess que reescreve minhas urls quando clico em algum link mais quando chamo um ajax.updater do prototype ele esta passando pelo htaccess e mostrando um erro de página não encontrada. Bom na minha opinião deve haver alguma forma ou condição que se coloca no htaccess para que ele naum chame o arquivo index.php e sim a url que eu colocar diretamente no ajax.updater.

qualquer duvida podem perguntar... acho que alguem ja deve ter passado por isso

abraço