SEO x Dominio x Subdominio

Parece que depois que eu criei um site no sub-dominio do meu site principal, o google analitycs e o awstats ficaram meio estranhos, não tenho certeza do que estou dizendo, mas houveram alterações significativas inclusive com perda de posicionamento para principais palavras chave no site principal que já tem mais de 3 anos e ia muito bem.

No awstats começou aparecer dados relativos ao sub-dominio e bagunçou o meio de campo.

Então minha dúvida é:

como a pasta do site que está no subdomínio está dentro da pasta do domínio, seria bom, no robots.txt do site principal, eu bloquear o acesso a pasta do subdominio ou isso não seria recomendado?

Expliquei ou compliquei?