Migração de Dados

Estou desenvolvendo um sistema para a empresa de um amigo, e estamos na fase de alimentação do sistema. Visto que já existem alguns dados em planilha excel, gostaria de saber se existe algum risco na migração de dados do excel para o mysql... teriamos que primeiro fazer alguma limpeza/formatação dos dados antes de migrar?

Qual mais confiável: alimentar o sistema manualmente ou migrar os dados via sistema?