Problemas sério de segurança em upload

Pessoal, tenho o seguinte script para upar arquivos em meu site:

<?php

set_time_limit(0);

if (!empty($_FILES)) {

$tempFile = $_FILES['Filedata']['tmp_name'];

$targetPath = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . $_GET['folder'] . '/';

$targetFile = str_replace('//','/',$targetPath) . $_FILES['Filedata']['name'];

 $allowedExtensions = array("jpg", "ai", "pdf", "cdr", "psd","zip","rar","indd","ps","gif","tiff","eps","obj","slt");
 foreach ($_FILES as $file) {
 if ($file['tmp_name'] > '') {
 if (!in_array(end(explode(".",strtolower($file['name']))),$allowedExtensions)) {
 die($file['name'].' is an invalid file type!<br/>');
 }else{
 move_uploaded_file($tempFile,$targetFile);
 }
 }
 }

move_uploaded_file($tempFile,$targetFile);
}

echo "1";

?>

Problema é que estou recebendo muitos ataques, pessoas upando arquivos php e etc. Sendo que tentei fazer que ele só envia-se arquivos com as extenções que está na array $allowedExtensions. Como posso resolver isso e melhorar a segurança de meu sistema de uploads?