URL's Amigáveis - Um Problema

Olá, gostaria que me tirassem uma dúvida no sentido das urls amigaveis e antes que viesse até aqui para abrir um tópico li bastante sobre e fiz diversos testes, alguns consegui outros nem tanto quanto o uso do arquivo .htaccess, bem vou explicar o meu problema:

Tenho no site na raiz o index.php e o arquivo .htaccess e tenho uma pasta onde fica a administração do site /admin e nela consta tbm uma página chamada index.php e outra painel.php onde após o login o usuário é direcionado.

Meu problema é ai nessas index.php o .htaccess lê sempre a index.php que está na raiz do site e não a que está dentro da pasta /admin

Vou mostrar uma parte de como está o .htaccess

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

#regra para a pagina de contatos
RewriteRule ^(.*)?$ index.php [NC,L]
#RewriteRule ^(.*)?$ /adm_site/index.php?pg=$1 [NC,L]

O fluxo da administração seria todo em cima do index.php da área de administração do site, mais todas as chamadas caem no index.php da raiz, como poderia resolver esse problema.