O que é preciso para instalar programa numa empresa?

Fiz um programa em PHP que está rodando numa petshop da minha cidade, mas fiquei sabendo que talvez esse programa tenha que emitir cupons fiscais. E ainda tenho outras dúvidas: preciso cadastrar meu programa em algum órgão fiscal? Posso ser um desenvolvedor autônomo sem CNPJ?

Por favor, me ajudem.