Converter md5 em md5 base64encode

Boa tarde pessoal, é o seguinte tenho uma tabela com mais de 3000 user's que estão cadastrados com password md5, porém o quero alterar essas senhas todas e coloca-las como md5 base64encode.

Tem como fazer um loop para ler todas as senhas do banco e depois codificala outra vez?

ABS