Tabelas de Varios sistemas em um mesmo banco

Bom, tenho um banco de dados que tem várias tabelas de vários sistemas, todas com o seguinte formato: SIS1_categoria, SIS2_funcionario e assim por diante...

O problema é que chegou em um ponto que há muitas tabelas e acaba ficando confuso de trabalhar, tem como organizar isso no MySQL por pastas por exemplo ?

Não posso criar um banco para cada sistema pois as tabelas tem chaves estrangeiras.