Utilizar os mesmos arquivos, em mais de um domínio, no mesmo servidor?

Amigos,

Tenho dois sites, com domínios diferentes, com o mesmo template, hospedados no mesmo servidor, só muda o logotipo e uma ou outra pequena alteração.

Exemplo:

/var/www/vhosts/dominio1.qq.ql/httpdocs
/var/www/vhosts/dominio2.qq.ql/httpdocs

Toda vez, que tenho que fazer alguma alteração, tenho que fazer a alteração em um, e depois no outro site.
Existe uma forma de eu hospedar os sites, ou algum conteúdo específico, em alguma pasta dentro do servidor, para que eu possa fazer a alteração do código uma vez só?

Eu poderia utilizar includes, e buscar o conteúdo via Web, mas como estão no mesmo servidor, acho um absurdo eu mandar a informação dar a volta ao mundo para voltar para o mesmo lugar.

A configuração do servidor é Linux + Apache + Ubuntu + MySql.

Eu imagino que tenha sim, já que lembro de ter visto alguma coisa a este respeito, com ferramentas de segurança, encriptação de dados, hospedadas no servidor, mas não faço a menor idéia de como fazer, ou de ao menos, procurar algo à respeito.

Na verdade, já busquei bastante, mas sempre retornam ferramentas de Joomla ou Drupal, Multiplos sites, ou o básico de álias de domínio, que não tem nada a ver.

Alguém pode por favor dar uma dica?

E, se existir, como é feito?

Como é feito o uso de FTP?

Muito obrigado!

Alexandre