Tempo de Execução de Script ultrapassando

Bom, de acordo com minha hospedagem (servidor compartilhado) tenho um tempo de nginx para execução de um script em 2 minutos.

O problema é que devido a execução do meu script ser a execução de um SCRIPT SQL (de mais ou menos 1600 linhas) + Criação e copia de pasta de mais ou menos 200MB, demora mais que 2 minutos.

Então analisando o código descobri que a copia e criação de pasta demora em média 40segundos, e a execução do script sql faz com que o tempo de 2 minutos estoure.

Pensei então na seguinte solução: Até a fase de criação e cópia das pasta deixar tudo automático, e então antes de executar o SQL para o script e mostrar um botão de "NEXT" para o usuário, assim acho que o tempo do NGINX iria começar a contar do zero novamente. Só não sei como fazer isso ..

Alguma ajuda ?