Sistema já pronto - mysql

Temos um sistema aqui na empresa que é usado somente internamente, com os nossos clientes, acontece que agora a empresa vai comercializar este sistema no site dela, ou seja, através do site os interessados podem efetuar o cadastro e ter uma "versão" do sistema online com os dados, clientes, produtos, etc, dele.

Problemas: O sistema foi construido como foco principal a utilização por apenas uma empresa. NEste caso, as informações de outras empresas (ou futuros clientes) do sistema iriam se misturar, obviamente, será necessário criar uma tabela mestre (onde os futuros usuarios/empresas se cadastrarao) e vincular tudo o resto das tabelas nesta tabela mestre, assim poderiamos transformar o sistema em multi usuario/empresa. Porem, como disse, ele ja esta pronto e teria que alterar as milhares de consultas feitas ao banco.

Existe alguma outra forma de fazer isso? direto pelo banco, alguma outra ideia? Vai ser complicado alterar tantas chamadas ao banco pra vincular isso a tabela mestre.