Baixar automaticamente todos os links

Estou trocando um sistema antigo e preciso baixar milhares de documentos pdf ao qual não tenho acesso por ftp, (os arquivos na verdade são projetos de lei, proposituras, etc, em PDF e Doc, como o serviço da empresa não funcionava resolvemos trocar, contudo eles estão já enrolando uns dois meses para passar uma cópia da base de dados, querendo forçar vencer o prazo e acabar sendo obrigados a renovar com eles, isso já aconteceu antes) então, quero copiar esses pdf´s que tem o nome relacionado num BD para uma nova base, usando JS eu criei uma rotina que pegou todos os link´s e joguei elas num XLS que usei para limpar e importar no novo banco...

Então, gostaria agora de criar uma rotina que lê-se todos os links de uma página html (que posso criar usando os caminhos do meu novo BD) e baixa-se esses arquivos. No Browser eu posso setar para baixar sem avisar, mas precisaria clicar um por um... Imagino que se criar um HTML com estrutura em cada nó poderia usar javascript para ir saltando e acionando cada link...

Obs.: os links não são diretos ao arquivo mas sim para um PHP que força o download, assim:

http://www.exemplo.com.br/downloads_baixar.php?codigo=3246
http://www.exemplo.com.br/downloads_baixar.php?codigo=3289
http://www.exemplo.com.br/downloads_baixar.php?codigo=3250

Pesquisei e não consegui muita coisa, na verdade tentei mais em outras linguagens, mas acho que em JS seja mais fácil...