Performance no carregamento de varias querys

Estou passando por um problema meio chato, eu tenho uma rotina na minha hospedagem (locaweb) que realiza o download de XML, depois deste carregamento eu começo a gravação dos dados num arquivo txt no proprio host - aí que chega o problema:

depois eu tenho outra rotina que pega este txt e joga pro banco mysql, só que são em torno de 10 mil querys de update. E quando chega la pelos 2 mil ele aborta por causa de sobrecarga (é o que estou imaginando)

tem como eu melhorar este ponto, talvez ler de 1000 em 1000 e dar um tempo, ou alguma outra solução?

estou sem saber, e nao consigo mudar minha hospedagem por que vai ficar muito caro