Como programar sem IDE?

Para questão de aprendizado e entender melhor tudo que está por trás do desenvolvimento de um projeto em uma IDE eu procurei na internet sobre desenvolvimento sem IDE e não encontrei nada.

Quando seleciono um projeto no visual studio ele já monta toda a hierarquia de pastas, arquivos de configuração, e relacionamento entre os arquivos do template. É isso que eu quero saber mais a fundo.

Gostaria de saber como criar e compilar projetos. Como organizar os arquivos. Quais arquivos de configuração são necessários para cada tipo de projeto. Como referenciar as dlls etc.

Pode ser Web Application, MVC, Windows forms ou qualquer coisa utilizando C# que é uma linguagem que já possuo um pouco de conhecimento, e aspx, ou html.

Resumindo. Alguém consegue me esclarecer alguma coisa ou apontar referencias de como eu posso aprender a fazer isso? Pode ser livros ou sites da internet.