Melhor estrutura das tabelas para inserção de dados

Bom dia pessoal.

Estou realizando um projeto baseado em php/mysql e o jQuery UI. Estou implementando aqui na empresa e já está em fase de testes, porém agora percebi que posso ter problemas já que não planejei muito bem a forma como os dados serão inseridos e terei conflitos de informação. Gostaria de saber qual a melhor forma de inserção desses dados, vou fazer uma breve explicação:

Trata-se de um sistema que gerencia as entradas e saídas de materia-prima para terceirizadas e voltam produtos acabados.

Basicamente o sistema insere uma linha com as informações do produto que saiu, a terceirizada que será enviado, a quantidade e data.

Acontece que pensei que daria tudo certo se eu fizesse que as saídas tivessem resultados positivos e as entradas negativas, aí quando eu puxasse algum relatório, viria as saídas menos as entradas e saberia o quanto tem lá, segue um exemplo para ajudar no entendimento:

/applications/core/interface/imageproxy/imageproxy.php?img=http://oi60.tinypic.com/2nsmdsw.jpg&key=ef31f24569469605e8bb05d13879afc9d429828137d1309546b2caddda904c39" alt="2nsmdsw.jpg" />

/applications/core/interface/imageproxy/imageproxy.php?img=http://oi58.tinypic.com/r8ife9.jpg&key=9e74949b9d2d0984b9c91bb0d31a438800d39e636e5b20a0224ad58d0fc6947a" alt="r8ife9.jpg" />

/applications/core/interface/imageproxy/imageproxy.php?img=http://oi59.tinypic.com/ehiujb.jpg&key=e0fd0b00ffc9a3713b34f7d66e7b4a810725310f29db6765dec2944c9ac33121" alt="ehiujb.jpg" />

Notem que saíram 150 unidades no mês abril e entraram 150 em março e o relatório anual aparece certo, porém o relatório mensal vai dar errado, porque o usuário pode erraro o mês então insere que entraram produtos de março sendo que nem saíram em março, aí quando eu puxar o relatório de abril, as 150 unidades ainda vão estar lá em abril, porque foram retiradas do mês errado, entendem?

Acontece que o problema se originou quando descobri minha falha no seguinte: esses registros ficam em uma tabela chamada conjuntos e eu agrupo os relatórios por mês, mas se o usuário insere uma saída de 150 prodtuos com o mês abril por exemplo e uma entrada com o mês março, se eu puxar um relatório completo para saber quantos produtos ainda tem com ele, vai ser acusado que tem 0, porque 150 saíram e 150 entraram, mas na verdade ainda tem 150 lá, como eu posso trabalhar com esses registros? Teria que usar uma tabela para entradas e outra para saídas? Estou no final do projeto, mas agora surgiu isto e irá me atrapalhar bastante. Quem puder me ajudar, agradeço...