Diferença entre rodar com VS 2013 e localhost

Boa tarde galera!!

Sou novo no desenvolvimento ASP.NET C# MVC e estou com uma duvida:

Rodando minha aplicação com o Visual Studio Express 2013 tudo funciona normalmente, por exemplo:

- Criação de pastas

Quando eu pego essa aplicação e executo via localhost do meu IIS instalado, fica com erros, por exemplo:

- Criação de pastas: tive que adicionar um usuário (IIS AppPool\DefaultAppPool) na pasta raiz para funcionar

Por quê acontece isso, tem algo que eu posso simular no VS o que vai acontecer quando instalar no meu server?

Obrigado!!