Comando do mysql funciona somente no MySQL

Boa tarde,

Porque o comando abaixo somente funciona direto no mysql e quando coloco no php ele não funciona?

Alguma ideia de como posso melhorar a estrutura da busca para melhorar o desempenho?

Obrigado.

SELECT aluguel.aluguelID FROM aluguel, caracteristicas WHERE aluguel.operacao IN ('1', '3') AND aluguel.tipoID IN ('1', '2') AND aluguel.indisponivel != '1' AND aluguel.praiaID = '2' AND aluguel.aluguelID NOT IN (Select periodoalugado.aluguelID from periodoalugado where ('2014-12-28' BETWEEN periodoalugado.INICIO AND periodoalugado.FIM or '2015-01-05' BETWEEN periodoalugado.INICIO AND periodoalugado.FIM )) AND aluguel.aluguelID NOT IN (Select contratos.aluguelid from contratos where status IN ('', '0') AND datacontrato > '2014-05-01' AND ('2014-12-28' BETWEEN contratos.dataentrada AND contratos.datasaida OR '2015-01-05' BETWEEN contratos.dataentrada AND contratos.datasaida )) AND aluguel.aluguelID = caracteristicas.aluguelID AND caracteristicas.caraid IN ('28', '57', '54')Unknown column 'caracteristicas.aluguelID' in 'where clause'

Antes que alguem pergunte a coluna "caracteristicas.aluguelID" existe no BD.

E como ja falei no mysql esta busca funciona perfeitamente, mas quando coloco no php mostra este erro.

Alguem? alguma opinião?