Problema ao rodar shell script com php

Galera,

To tentando executar um shell script utilizando o php, onde basicamente o shell faz o dump de um banco e importa para outro. O problema é que quando eu executo o shell pelo php o retorno que eu tenho é de que tudo foi executado perfeitamente, mas quando eu vou verificar no banco nada foi importado. Fiz um teste onde eu executei o shell pelo terminal e tudo ocorreu bem (o dump foi feito e a importação também).

Que diabos pode estar acontecendo que ao executar o shell com php a importação não funciona e pelo terminal funciona?

Lembrando que já fiz todos os testes que se pode imaginar, já criei um shell teste e executei pelo php e deu certo, já mudei as permissões das pastas e grupo etc.

Agradeço a ajuda desde já.