Shell não executa MySQL

Galera,

Pelo amor de deus, preciso de ajuda! Estou desde a semana passada tentando resolver esse buxo mas não consigo de forma alguma!! Já procurei e fiz tudo que eu sei (e até o que eu não sei) pra tentar resolver o problema.

Eu tenho um shell script que faz o dump de uma base e importa para outra. Ao executar o shell pelo terminal, tudo ocorre perfeitamente, agora quando eu executo pelo php, o output retorna que tudo deu certo mas quando eu vou analisar a tabela de destino, nada foi importado.

Eu já li sobre permissão, configuração do php, configuração do mysql, sudoers, usuários e grupos do linux... Já fiz de tudo e nada, NADA da certo.

Por favor, se alguém já tiver passado por essa situação, peço pelo amor de deus que me ajude.