Codeigniter em Subdominio

Pessoal..

Desenvolvi meu site todo no Xampp com o arquivo .htaccess para uma URL amigável:

RewriteEngine on

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule .* index.php/$0 [PT,L]

e meu config.php:

$config['base_url'] = 'http://localhot/shop/';

onde agora esta dessa maneira:

$config['base_url'] = 'http://shop.meusite.com.br/';

Realizei o upload do projeto em meu subdominio apontando para uma pasta "shop".

A Página principal esta carregando normalmente onde defini meu controller principal no "routes.php":

$route['default_controller'] = "Home";

O problema é quando vou acessar outro controller que esta carregando uma view, o servidor não esta encontrando dando o erro "404 Page not found".

Será que estou esquecendo alguma configuração ou meu arquivo .htaccess esta errado ?

Desde já agradeço !