Forma correta de estrutura MVC

Alguns colocam bootstrap.php, config.php, database.php e autolad.php dentro da pasta /libs, outros colocam os 4 dentro da raiz junto com o index e htaccess e também já vi config.php dentro da view.

Tem uma forma correta de usar, vamos dizer, um padrão correto ?

Verifiquei que vários fazem de um jeito diferente, pois acaba colocando dúvida qual é o certo ou errado.

Já cheguei a ler para fazer do jetio que achar que fica bom para manutenção, onde que todos entendem.