Otimização - Tuning

Bom Dia meu caros...

Preciso de uma grande ajuda para resolver um problema que me tira a o sono...

Atualmente na empresa onde trabalho, temos um servidor "parrudo" windows onde existem diversas VM's rodando sob o VMware.

Em uma dessas VM's tem um CentOS que roda a aplicação web da empresa desenvolvida em PHP e MySQL.

Estou tendo sérios problemas de lentidão, mysql com processamento acima do normal, a Cron do backup congela o banco por muito tempo e afins...

Eu preciso de uma solução que seja gradativa, onde posso já tomar algumas ações que causem impacto rápido e com o tempo outras que resolvam definitivamente os problemas.

Em anexo tenho uma print com algumas informações desta VM e na outra print o comando que verifica o uso de recursos do mysql, onde consta um processamento acima do normal.

INFORMAÇÕES EXTRAS

Servidor: Linux CentOS 6.5

Mysql: 5.1.73

PHP: 5.3.3

Apache: 2.2.15

Usuarios Online: 340 pessoas

OBS: Esse sistema roda consultas o dia todo, toda hora e segundo, UPDATE nem se fala então...

Aguardo e sou grato desde já.

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