Upload mudando a extensão dos arquivos

Olá Galera,
Estou fazendo umas alterações num site que outro programador k-gão fez e não arrumou até hoje.

Ele fez um sistema de upload de arquivos para PDF, XML, DOC ou ZIP... Só que nos arquivos ZIP o sistema troca a extensão para VND...
e os DOC faz upload normal tbm mas coloca extensão .octet

Alguém já passou por isso?
Deve ser algum bug da programação mau feita ?