Efetuando backup com dados repetidos

Caros,

Gostaria de saber e ter alguma ideia de como efetuar um backup tendo a seguinte situação:

• Tenho um backup onde possui cerca de 10x mais dados que o banco atual.
• O banco atual possui alguns dados já do backup, porém com chaves primárias diferentes

Como unir esses dois dados, sem duplicatas? Estou tendo um trabalho absurdo manualmente, há algo que possa me ajudar?