Mesclar PHP com HTML?

Fala galera!

Estou desenvolvendo meu primeiro projeto, e, trabalho com PHP, estudei bastante e acho que sei consideravelmente, mas sempre é bom aprender mais rsrs

É o seguinte, não gosto de misturar PHP com HTML, por exemplo, tenho minha página "index.php", mas o PHP todo (bom a mior parte), gosto de deixar em um arquivo externo, pois tenho a impressão de que, com o PHP, o código fica muito poluído.

Como vocês, mais experientes, costumam fazer? Porque tenho percebido que às vezes deixar tudo em um script externo dá muitos problemas, tenho dificuldade principalmente quando a questão é escopo de variáveis...

Se alguém puder me passar umas dicas de como fazer, na prática, agradeceria muito.

Até mais!