Gráfico php mysql

Bom dia, estou usando um script para fazer um gráfico, seria a somatória dos totais dos meses durante 1 ano, de Janeiro a Dezembro, quando mando trazer o gráfico ele traz no formato amaricado no valor 90000.00, gostaria que ficasse 90.000,00, tentei fazer fazer a alteração pelo SQL:

select concat(extract(month from c.data_vencimento),'/',
extract(year from c.data_vencimento)) as datas,sum(c.totalpagar)

as total
from contas_pagar c
inner join planodecontas p on p.Id_plano_contas=c.plano_contas
where extract(year from c.data_vencimento)='$y' $textTot
group by extract(month from c.data_vencimento),
extract(year from c.data_vencimento)
order by c.data_vencimento

alterei essa parte por : Replace(Replace(Replace(Format(sum(c.totalpagar), 2), '.', '|'), ',', '.'), '|', ',') , na teoria deu certo, mas ele reconhece meu numero 90.000,00 menor que 300,00 no gráfico, no caso ele deve estar reconhecendo o valor 90.00,00 como 90,00. Já tentei um bucado de coisa e não consigo arrumar.