Hydrate entity com JoinColumns

Boa noite, pesquisei bastante e alguem poderia me informar como eu hidrato um array contendo vales de ids de outras tabelas para meu entity principal?

sendo que o array está assim!

array:5 [▼
"codigo" => "123"
"nome" => "123"
"empresa" => "1"
"funcao" => "13"
"salvar" => "Salvar"

<?php
namespace Corporativo\Form;

use Corporativo\Entity\Funcao;
use Corporativo\Filter\FuncionarioFilter;
use Corporativo\Service\FuncaoService;
use DoctrineORMModule\Form\Element\DoctrineEntity;
use DoctrineORMModule\Options\EntityManager;
use Zend\Di\ServiceLocator;
use Zend\Form\Form;
use Zend\ServiceManager\ServiceManager;
use Zend\Stdlib\Hydrator\ClassMethods;

class FuncionarioForm extends Form {

/*
* @var $entityManger \Doctrine\ORM\EntityManager
*/

 public function __construct(\Doctrine\ORM\EntityManager $entityManager){

 parent::__construct('funcionario');
 $this->setAttribute('method', 'POST');
 $this->setInputFilter(new FuncionarioFilter());

 $this->add(
 array(
 'name' => 'codigo',
 'type' => 'Text',
 'options' => array(
 'label' => 'Matrícula',
 ),
 'attributes' => array(
 'id' => 'codigo',
 'class' => 'form-control'
 )
 )
 );
 $this->add(
 array(
 'name' => 'nome',
 'type' => 'Text',
 'options' => array(
 'label' => 'Funcionário'
 ),
 'attributes' => array(
 'id' => 'nome',
 'class' => 'form-control'
 )
 )
 );
 $this->add(
 array(
 'name' => 'empresa',
 'type' => 'DoctrineORMModule\Form\Element\DoctrineEntity',
 'options' => array(
 'label' => 'Empresa',
 'object_manager' => $entityManager,
 'target_class' => 'Corporativo\Entity\Empresa',
 'property' => 'nome',
 ),
 'attributes' => array(
 'id' => 'nome',
 'class' => 'form-control'
 )
 )
 );
 $this->add(
 array(
 'name' => 'funcao',
 'type' => 'DoctrineORMModule\Form\Element\DoctrineEntity',
 'options' => array(
 'label' => 'Funcao',
 'object_manager' => $entityManager,
 'target_class' => 'Corporativo\Entity\Funcao',
 'property' => 'nome',
 ),
 'attributes' => array(
 'id' => 'funcao',
 'class' => 'form-control',
 ),
 )
 );
 }
}

<?php

namespace Corporativo\Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
use Infra\Entity\InfraEntity;

/**
* Funcionario
*
* @ORM\Table(name="funcionario", indexes={@ORM\Index(name="IDX_7510A3CF6EDEF13D", columns={"funcao"})})
* @ORM\Entity
* @ORM\Entity(repositoryClass="Corporativo\Entity\FuncionarioRepository")
*/
class Funcionario extends InfraEntity {
/**
* @var integer
*
* @ORM\Column(name="id", type="integer", nullable=false)
* @ORM\GeneratedValue(strategy="IDENTITY")
* @ORM\Id
*/

 private $id;

 /**
 * @var string
 *
 * @ORM\Column(name="codigo", type="string", length=10, nullable=false)
 */
 private $codigo;

 /**
 * @var string
 *
 * @ORM\Column(name="nome", type="string", length=255, nullable=false)
 */
 private $nome;

 /**
 * @var \Corporativo\Entity\Funcao
 *
 * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Corporativo\Entity\Funcao")
 * @ORM\JoinColumns({
 * @ORM\JoinColumn(name="funcao", referencedColumnName="id")
 * })
 */
 private $funcao;

 /**
 * @var \Corporativo\Entity\Empresa
 *
 * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Corporativo\Entity\Empresa")
 * @ORM\JoinColumns({
 * @ORM\JoinColumn(name="funcao", referencedColumnName="id")
 * })
 */
 private $empresa;

 /**
 * Get id
 *
 * @return integer
 */
 public function getId()
 {
 return $this->id;
 }

 /**
 * Set codigo
 *
 * @param string $codigo
 *
 * @return Funcionario
 */
 public function setCodigo($codigo)
 {
 $this->codigo = $codigo;

 return $this;
 }

 /**
 * Get codigo
 *
 * @return string
 */
 public function getCodigo()
 {
 return $this->codigo;
 }

 /**
 * Set nome
 *
 * @param string $nome
 *
 * @return Funcionario
 */
 public function setNome($nome)
 {
 $this->nome = $nome;

 return $this;
 }

 /**
 * Get nome
 *
 * @return string
 */
 public function getNome()
 {
 return $this->nome;
 }

 /**
 * Set funcao
 *
 * @param \Corporativo\Entity\Funcao $funcao
 *
 * @return Funcionario
 */
 public function setFuncao(\Corporativo\Entity\Funcao $funcao = null)
 {
 $this->funcao = $funcao;

 return $this;
 }

 /**
 * Get funcao
 *
 * @return \Corporativo\Entity\Funcao
 */
 public function getFuncao()
 {
 return $this->funcao;
 }

 /**
 * Set empresa
 *
 * @param \Corporativo\Entity\Empresa $empresa
 *
 * @return Funcionario
 */
 public function setEmpresa(\Corporativo\Entity\Empresa $empresa = null)
 {
 $this->empresa = $empresa;

 return $this;
 }

 /**
 * Get empresa
 *
 * @return \Corporativo\Entity\Empresa
 */
 public function getEmpresa()
 {
 return $this->empresa;
 }
}

]