Instalar Ubuntu ou Windows em máquina virtual?

Olá pessoal,

Qual opção vocês acham melhor, em questão de desempenho e segurança, instalar o Windows Server fisicamente e depois instalar o Ubuntu em máquina virtual, ou instalar o Ubuntu fisicamente e depois instalar o Windows Server em máquina virtual?

O Servidor tem 2 HDs e queria colocar cada sistema em um HD, por exemplo, um sistema está instalado no HD1 e o HD virtual contendo todo o estado da máquina virtual está armazenado no HD2, vocês acham que é possível fazer isso?