Javascript no código PHP e Permissão de Pastas (UPLOAD)

Bom dia a todos,

Tenho o costume de usar javascript junto ao código php, então me surgiu a seguinte dúvida: Os códigos Javascript que estão dentro do meu script php rodam localmente também ou no servidor?

Outra dúvida: Estou trabalhando num projeto que permite upar arquivos para o servidor. Quando fiz os primeiros testes o servidor não permitiu que eu upasse os arquivos. Precisei dar permissão (CHMOD) na pasta. Quando o projeto for passado para o servidor em que vai rodar (não o meu localhost), o mesmo processo de permissão deve ser feito certo? Ou posso incluir no meu código algo para garantir a permissão de gravação na pasta por parte do meu script que realiza o upload?

Grato.