Vincular o funcionário a empresa

Olá pessoal!

Tenho duas tabelas, uma funcionário e outra empresa.

Campos funcionários:

• id_func - int
• nome - varchar
• cargo - varchar
• nome_user - varchar
• senha - varchar
• ativado - enum ('0','1')
• data_cadastro - datetime
• id_emp - int (este campo foi criado para fazer o relacionamento entre as duas tabelas)

Campos Empresa:

• id_emp
• fantasia
• email
• celular
• senha
• data_cadastro

Bom, como faço no PHP quando estiver no cadastro da empresa, incluir o funcionário, sendo que caso eu faça o cadastro de outra empresa, associar o funcionário para esta outra empresa?

Exemplo: no meu site, o empresário faz o cadastro da empresa dele, após o cadastro é enviado para o e-mail dele uma confirmação, onde depois ele irá fazer o login. Após fazer o login, ele vai inserir os funcionários da empresa dele.

Esta é a minha pergunta, como fazer esta associação?

Obrigado!