Migrar tabelas de SQLite para MySQL(Web) e atualizar valores das chav

Estou a desenvolver uma aplicação para android onde os dados estão armazenados numa base de dados relacional SQLite.

Fiz a sincronização com uma base de dados MySQL, na web, para onde estou a enviar os dados das diversas tabelas SQLite

O problema é que não sei como fazer para manter o relacionamento entre as tabelas, pois as chaves primárias das tabelas vão ser atualizadas com AUTO_INCREMENT e as chaves estrangeiras nas outras tabelas deixam de estar corretas, pois não são atualizadas para o novo valor das chaves primárias.

Quem me ajuda?