Painéis administrativos com Codeigniter

Olá pessoal,

Seguinte, vou fazer uma aplicação em Codeigniter no qual deverá ter o site principal, o painel do cliente e o painel de administração. Qual a melhor prática para desenvolver os painéis com o Codeigniter? Pensei em criar cada um em pastas separadas, cada um com o seu framework, pois tive dificuldades em mesclar. o que sugerem?

Obrigado.