Habilitar classe com Java

Eu tenho um formulário onde existe a seguinte validação:

 function verifica_extencao() {
 var extensoesOk = ",.gif,.jpg,.jpeg";
 var extensao = "," + document.form.arq.value.substr( document.form.arq.value.length - 4 ).toLowerCase() + ",";
 if (document.form.arq.value == "")
 {alert("O campo do endereço da imagem está vazio!!")}
 else if( extensoesOk.indexOf( extensao ) == -1 ) {
 alert( "Não possui uma extensão válida" );
 document.getElementById('arq').value=''; }
 else {javascript:tamanhos()}
 }

Funciona perfeitamente ao identificar que não se trata de uma imagem que está sendo selecionada... ele dá um alert, só que ao invés de mostrar o alert, eu gostaria que ele mostrasse uma mensagem de alert do bootstrap abaixo do campo. Já coloquei lá, mas está como hidden, como eu faço pro Java mostrar e em seguida sumir?

Abaixo o campo input:

<div class="col-sm-5 form-group">
 <label>IMAGEM PRINCIPAL</label>
 <input type="file" class="form-control" id=arq name="arq" onChange="verifica_extencao();">
 <div class="alert alert-danger hidden" style="margin-top: 10px">Você não esta enviando uma imagem</div>
 </div>