Upload na Pasta Digitada

Ola pessoal, tenho o seguinte problema; quero fazer o Upload do arquivo para o FTP na pasta que o usuário digitar no campo de pesquisa,

eu pago o nome da pasta que o usuário digitou e guardo em uma variável, porém não esta fazendo o upload para a pasta agora se eu deixo o nome da pasta direto na variável, ai da certo, segue o código para analise e ajuda de vocês:

<?php
 error_reporting(0);
 ini_set('display_errors', 0 );
 $servidor = 'teste';
 $usuario = 'teste';
 $senha = 'teste';

 ?>
 <form name="FPesquisar" method="post" action="">
 <div class="texto-pesquisar">Insira o CNPJ a ser Pesquisado:</div><br>
 <input type="text" name="txtPesquisa" id="pesquisar" style="float:left;">
 <input type="submit" id="btn-pesquisar" name="btn-pesquisar" value="Pesquisar" class="btn-pesquisar"/>
 </form>

<div class="middle" style="margin-top:10px;">
 <div style="background-color:#EEE;width:96.5%;margin-left:10px;padding:5px;border: solid 1px #999;">
 <form method="POST" enctype="multipart/form-data">
 <div style="float:right; margin-top:9px;">
 <input type="submit" name="btnEnviar2" id="btnEnviar2" value="Enviar Arquivo" class="botaoConfirmar" />
 </div>

 <br>
 <br>
 <div style="margin-top:-9px;">
 <input type="file" name="files" id="files" required /><br />
 </div>
 </form>

 </div>

 if (($_SERVER['REQUEST_METHOD'] == 'POST')){
 $upload_dir = "/www/empresa/"; // Local onde está a pasta onde ficarão salvos os uploads
 $vPastaCNPJ = $_POST['txtPesquisa'];//se eu colocar: $vPastaCNPJ = '123456'; da certo

 $vArquivoTemporario = $_FILES['files']['tmp_name']; // Variável que pesquisa os uploads
 $filename = $_FILES['files']['name']; // Variável que pega o nome do arquivo
 $vArquivoTipo = $_FILES['files']['type']; // Variável que pega o tipo do arquivo
 $vTama = $_FILES['files']['size']; // Variável que pega o tipo do arquivo
 $vArquivoFinal = $upload_dir.$vPastaCNPJ.'/'.$_FILES['files']['name']; //começando a parte de upload
 $ftpConecta = ftp_connect($servidor) or die("Erro ao conectar no: " .$servidor); //conectando no servidor
 $ftpLogin = ftp_login($ftpConecta,$usuario,$senha); //fazendo o login no FTP
 $ftp_pasv= ftp_pasv($ftpConecta,true); //informando que o FTP é passivo

 if(!$ftpConecta) { // verifica se a conexão foi realizada com sucesso
 echo '<script>alert("Falha na conexão com o servidor")</script>';
 exit;
 }

 if(!@ftp_chdir( $ftpConecta, $upload_dir.'/'.$vPastaCNPJ)){
 ftp_mkdir($ftpConecta,$upload_dir.$vPastaCNPJ);

 }

 ftp_put($ftpConecta,$vArquivoFinal,$vArquivoTemporario,FTP_BINARY);
 $lista = ftp_nlist($ftpConecta,$upload_dir.'/'.$vPastaCNPJ);
 }
	?>
<br />
<br />
<table class="tabela" width="100%">
 <thead>
 <tr>
 <th>CNPJ/Arquivo</th>
 <?php if($_SESSION['nivel_usuario'] == 3){?>
 <th>Ação</th>
 <?php }?>
 </tr>
 </thead>
 <tbody>
<?php
 for ($x=0;$x<count($lista);$x++){
 $vNome = str_replace($upload_dir.$vPastaCNPJ,"",$lista[$x]);
 echo "<tr>";
 echo "
 <td><a href='paginas/baixar.php?vPasta=".($vPastaCNPJ)."&file=".($vNome)."' >".(str_replace($upload_dir,"",$lista[$x]))."</a></td>";
 ?>
 <td><a href="javascript:void(0)" onclick="confirmarExclusao('<?=($lista[$x])?>')" title="<?php $vPastaCNPJ.$vNome?>"><img src='img/excluir2.png' ></a></td>

<?php }?>

 </tr>
 </tbody>
</table>