Comandos CMD pelo PHP

Bom eu tenho um servidor que irá roda meu site em PHP e também irá hospedar um servidor de um jogo.

Quando eu abro o servidor desse jogo ele vira uma tela de console, gostaria de saber se existe alguma maneira, através do PHP, de enviar alguns comandos para esse console do servidor, mas eu preciso que sejam enviados separadamente, não pode ser na mesma linha como já vi em alguns exemplo. até porque eles seram executados em tempos diferentes.