Montar Array multidimensional vindo de um select?

Boa Noite.

Tenho 6 alunos, 5 matérias e 4 notas. Uma para cada bimestre.

Preciso colocar isso em um array e levar para gráficos.

No entanto, não estou compreendendo a lógica desses arrays multdimensionais.

Com um exemplo, como posso compreende-los e depois acessa-los, manipula-los?