Conflito Jquery com Prototype

Olá, estou tentando resolver um conflito que esta ocorrendo em meu código javascript, ao acionar o Prototype na página simplesmente o jquery para de funcionar.
Eu utilizo um sistema em ajax de página, e é o mesmo que para de responder.

Segue o código para vocês poderem olhar e ver se pode me ajudar:

<script type="text/javascript">

// Setup
this.$('.js-loading-bar').modal({
backdrop: 'static',
show: false

});

 $('#main').load('funcao/home.php', function () {
 var $modal = $('.js-loading-bar'),
 $bar = $modal.find('.progress-bar');

 $modal.modal('show');
 $bar.addClass('animate');

 setTimeout(function() {
 $bar.removeClass('animate');
 $modal.modal('hide');
 }, 1500);
 // handle menu click
 $('ul#menuajax li a').click(function(){
 var pagina = $(this).attr('href');
 $('#main').load('funcao/'+ pagina +'.php');
 var $modal = $('.js-loading-bar'),
 $bar = $modal.find('.progress-bar');

 $modal.modal('show');
 $bar.addClass('animate');

 setTimeout(function() {
 $bar.removeClass('animate');
 $modal.modal('hide');
 }, 1500);
 return false;

 });

});

 </script>

Este é meu código ajax para abrir as páginas selecionas em um menu.
Ao colocar o prototype ele não mais executa.

Ele entra em conflito com o este código que é derivado do prototype

<script language="javascript">
function CarregaPasta(codPasta)

 if(codPasta){
 var myAjax = new Ajax.Updater('musicaAJAX','funcao/selecionar_pasta.php?id='+codPasta,
 {
 method : 'get',
 }) ;
 }

}
</script>

A pergunta é tem como converter essa função do prototype para apenas jquery?