Problema com shell_exec

Boa Noite a todos. Tenho uma pagina index.php que chama um programa externo, mas esse programa vai ser executado no modo nao interativo. Pelo terminal funciona 100% com o seguinte codigo: /home/matheus/FastQC/fastqc /home/matheus/exemplo1.fastq , entretanto quando jogo esse bloco de codigo no arquivo php nao funciona.

function callFastQc(){

	$output = shell_exec('/home/matheus/FastQC/fastqc /home/matheus/exemplo1.fastq');

	//echo "$output";
}

E o log, contem o seguinte:

Skipping '/home/matheus/exemplo1.fastq' which didn't exist, or couldn't be read

Ou seja parece que o problema esta no caminho, mas nao vejo como pois pelo terminal funciona de boas.

Vlw

* perdoem-me pelos acentos, to usando uma VM e ainda nao configurei o teclado.